dc.contributor.author |
Tekiner, İsmail Hakkı
|
|
dc.date.accessioned |
2019-05-16T14:03:34Z |
|
dc.date.available |
2019-05-16T14:03:34Z |
|
dc.date.issued |
2016 |
|
dc.identifier.uri |
http://hdl.handle.net/11547/1966 |
|
dc.description.abstract |
Günümüzde hastane ve toplumsal kaynaklı olarak dirençli bakterilere artan şekilde
rastlanmaktadır. Bu yeni tür biyolojik tehlike tüm Dünya’da insan sağlığını ciddi
şekilde tehdit eder seviyelere gelmiştir. Bu nedenle WHO, FAO ve EFSA gibi
otoriteler araştırmacıları bu konu üzerinde araştırma yapmaları için teşvik
etmektedirler. Genişlemiş spektrumlu beta-laktamazlar (GSBL) plazmid-aracılı blagenleri
tarafından kodlanan, beta-laktam antibiyotikleri enzimatik inaktivasyon
direnç mekanizması yoluyla etkisizleştiren ve infeksiyon tedavilerini başarısız kılan
enzimlerdir. GSBL-kodlayan bla-genlerin farklı ve/veya türdeş bakteriler arasında
aktarılabilir olmaları risk doğurmaktadır. Bakterilerde direnç gelişimi ve
yayılmasında hastane ve toplumsal kaynaklı etmenler dışında gıdaların da potansiyel
rolleri oldukları düşünülmektedir. Türkiye’de GSBL-kodlayan bla-genlerin
varlıklarını tespite dönük hastane ve toplumsal kaynaklı araştırmalar yapılmış
olmakla birlikte, gıda kaynaklı bulgular üzerinde ciddi şekilde durulmamıştır. Bu
çalışmada hayvansal kaynaklı gıda maddelerinden izole edilen ve kütle
spektrometresi ile tiplendirilen toplam 55 adet GSBL-üreten Enterobacteriaceae
suşlarında blaTEM, blaSHV ve blaCTX-M genleri ile blaCTX-M altgruplarının
karakterizasyonu amaçlanmıştır. GSBL-pozitif izolatlardan elde edilen DNA
materyaller Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile amplifiye edilmiş ve
amplikonları jel elektroforez tekniği ile görüntülenmiştir. Görüntülenen 1 adet blaTEM
pozitif, 1 adet blaSHV pozitif ve 1 adet blaCTX-M pozitif amplikonlar saflaştırılmış,
sekanslanmış ve BLAST Programı kullanılarak benzeşme doğrulamaları yapılmıştır.
İstatistik analiz için SPSS 19 programı kullanılmıştır. GSBL-kodlayan bla genlerin
gıda grupları bazında bulunma sıklıklarının niteliksel kıyaslaması Kruskal-Wallis Htesti
ile yapılmıştır. Elde edilen sonuçlar P<0,05 seviyesinde anlamlı kabul
edilmiştir. Moleküler incelemeler bla-genlerin dağılımını %96,4 blaTEM, %65,5
blaCTX-M ve %34,5 blaSHV olarak vermiştir. İzolatların %81,8’inin birden fazla blageni
taşıdıkları tespit edilmiştir. bla-genlerin kombinasyonları %57,8 blaTEM+blaCTXM,
%22,2 blaTEM+blaSHV, %17,8 blaTEM+blaSHV+blaCTX-M ve %2,2 blaTEM+blaCTX-M
olarak tayin edilmiştir. CTX-M-pozitif amplikonlar ileri analize alınmış ve alt
grupları %97,2 blaCTX-M-1 ve %2,8 blaCTX-M-8 olarak karakterize edilmiştir.
Sekanslama ve BLAST analizi sonuçları üç adet GSBL-pozitif amplikonların
taşıdıkları blaTEM, blaSHV ve blaCTX-M genleri doğrulamıştır. İstatistik değerlendirme
GSBL-kodlayan bla-genler için hayvansal kaynaklı gıdaların türüne bakılmaksızın
potansiyel kaynak olduklarını göstermiştir. Sonuç olarak, hayvansal kaynaklı
gıdalardan izole edilen Enterobacteriaceae suşlarının GSBL-kodlayan bla-genleri
taşıdıkları, çoklu direnç özellikleri gösterdikleri ve tüketicilerin bu genetik
materyaller ile kolonize olma riski taşıdıkları tespit edilmiştir. |
tr_TR |
dc.language.iso |
tr |
tr_TR |
dc.publisher |
İSTANBUL AYDIN ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ |
tr_TR |
dc.subject |
blaTEM |
tr_TR |
dc.subject |
blaSHV |
tr_TR |
dc.subject |
blaCTX-M |
tr_TR |
dc.subject |
Enterobacteriaceae |
tr_TR |
dc.subject |
GSBL |
tr_TR |
dc.subject |
PCR |
tr_TR |
dc.subject |
BLAST |
tr_TR |
dc.subject |
blaTEM |
tr_TR |
dc.subject |
blaSHV |
tr_TR |
dc.subject |
blaCTX-M |
tr_TR |
dc.subject |
Enterobacteriaceae |
tr_TR |
dc.subject |
ESBL |
tr_TR |
dc.subject |
PCR |
tr_TR |
dc.subject |
BLAST |
tr_TR |
dc.title |
GIDALARDAN İZOLE EDİLEN ENTEROBACTERIACEAE SUŞLARINDA GENİŞLEMİŞ SPEKTRUMLU BETA-LAKTAMAZLARIN MOLEKÜLER YÖNTEMLE ARAŞTIRILMASI |
tr_TR |
dc.type |
Thesis |
tr_TR |
dc.description.abstractol |
Clinical and community-related resistant bacteria are widely found in the present
time. This new type of biohazard is a growing health concern of Global significance
for human health. That’s why, international authorities, including WHO, FAO and
EFSA, are enhancing the researchers to focus on this issue. Extended spectrum betalactamases
(ESBL) are the enzymes that are encoded by plasmid-mediated bla-genes.
inactivate beta-lactam antibiotics through a mechanism of resistance, so-called
enzymatic inactivation, and lead to failure of treatment of bacterial infections. The
bla-genes are easily transferable among the same and/or different bacterial species.
Not only clinical and community settings, foods are also under suspicion for
development and transmission of antibiotic resistance in bacteria. In Turkey, clinical
and community-related ESBL-producers were examined well, whereas foodborne
dissemination was not questioned seriously. The objective of this study was to
characterize blaTEM, blaSHV and blaCTX-M genes and blaCTX-M subtypes in 55 ESBLproducing
Enterobacteriaceae isolated from foods of animal origin after
identification by mass spectrometer. DNA materials from each ESBL-positive isolate
were initially amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR), and subsequently
visualised by gel-electrophoresis. Within them, 1 blaTEM positive amplicon, 1 blaSHV
positive amplicon and 1 blaCTX-M positive amplicon were purified, sequenced, and
confirmed using BLAST Program. SPSS 19 was used for statistical analysis.
Kruskal-Wallis H-test was performed for qualitative-comparison of frequency rate of
each bla-genes with respect to their sampling groups. P<0.05 was considered to be
significant. Genotypic results showed that frequency rates of blaTEM, blaCTX-M and
blaSHV were determined to be 96.4%, 65.5%, and 34.5%, respectively. The coexistence
of bla-genes were found as 57.8% blaTEM+blaCTX-M, 22.2% blaTEM+blaSHV,
17.8% blaTEM+blaCTX-M+blaSHV, and 2.2% blaTEM+blaCTX-M. Subtyping CTX-Mpositive
amplicons revealed that the most common subtype of blaCTX-M was 97.2%
blaCTX-M-1, followed by 2.8% blaCTX-M-8. Sequencing and BLAST analysis also
confirmed blaTEM, blaSHV and blaCTX-M genes. The statistical evaluation provided that
foods of animal-origin were potential sources for ESBL-encoding bla-genes
regardless type of food. To conclude, we found that Enterobacteriaceae from foods
of animal orgin harboured ESBL-encoding bla-genes in some foods of animal origin,
indicated a multiresistance pattern, and leaded to the colonization of the consumers
with these spreadable genetic materials. |
tr_TR |
dc.publisher.firstpagenumber |
1 |
tr_TR |
dc.publisher.lastpagenumber |
103 |
tr_TR |